Extrémní povětrnostní podmínky El Niño způsobuje povětrnostní jevy, jako jsou silné deště, záplavy, sucha a lesní požáry. Tichý oceán, Africký roh, jihovýchodní Asie a Jižní Amerika patří mezi oblasti obzvláště náchylné k extrémním projevům počasí.
Rostou obavy z možných dopadů El Nino, přičemž se očekává, že budou zasaženy komoditní trhy a narušeny potravinové dodavatelské řetězce.